为夺回被时间吞噬者夺走的世界秩序，两只蓝色刺猬挺身而出。本来绝不可能有交集的经典索尼克与现代索尼克相遇之时，超越时空的音速之力将奔涌而出！而与此同时，军方秘密研制的究极生命体夏特与曾被击败的宿敌“黑暗末日”再次相遇。复活后的黑暗末日企图征服世界。在其诱惑下，夏特在正义与邪恶之间摇摆。自身的过去，全新的力量，必须保护的人们…… 他觉醒后的选择将成为左右世界存亡的关键。索尼克和夏特背负着因时空扭曲而产生的两个世界的命运。